Le jeu se déroule dans la ville fictive de Karnaca. Après que l’impératrice Emily Kaldwin a été déposédée par la sorcière Delilah Copperspoon, le joueur peut choisir entre jouer comme Emily ou son protecteur royal et son père Corvo Attano alors qu’ils tentent de reconquérir le trône. Emily et Corvo utilisent leur propre éventail de capacités surnaturelles, bien que le joueur puisse également décider de renoncer à ces capacités. En raison du gameplay non linéaire du jeu, il existe une multitude de façons d’accomplir des missions, de la furtivité au conflit violent délibéré.